Aptera war einer den wichtigsten Stadtstaaten von Kreta. Aptera wird in den Tontafeln der Linearschrift B erwähnt (14. bis 13. Jahrhundert v. Chr.) und existierte bis dem 7. Jahrhundert n. Chr. einschließlich. Im  7. Jahrhundert n. Chr. wurde Aptera von einem starken Erdbeben in Kombination mit den Angriffen der Sarazenen zerstört.

Die ausgezeichnete Lage von Aptera, auf dem Hügel, der südöstlich von Souda Golf dominiert und gleichzeitig die umliegende Region kontrolliert, war ideal für die Entwicklung von Aptera zu einem stark wirtschaftlichen und politischen Zentrum. Mit zwei Häfen, Minoa (heutige Hafen Marathi) und Kissamos, in den entsprechenden Seiten des Zuganges in Souda Golf, hat Aptera der Kontrolle über alle Meeressaktivitäten gewährleistet.

Die schriftliche Quellen und die Ergebnisse der bisherigen Ausgrabungen zeigen, dass die Zeit der größten Blüte der Stadt die frühe hellenistische Zeit war (Ende 4.-3. Jahrhundert v. Chr.). Die Stadt war dann wirtschaftlich und politisch starker und hatte ihre erste Währung. Die Zeit der römischen Herrschaft, mit der Auferlegung des Römischen Friedens bedeutete die Schrumpfung der Stadt in der Wirtschaftspolitik Ebene und gleichzeitig das Wachstum der landwirtschaftlichen Produktion gemäß dem Programm der römischen Macht. Die Niederlassung hat sich in der byzantinischen Zeit ohne besondere Intensivität fortgesetzt.

In einem zentralen Teil der antiken Stadt wurde das Kloster von Heilige Johannes der Theologe gebaut, das bereits in einer Chronik von 1181 n. Chr. erwähnt wird. Das Kloster gehörte zu dem Kloster von Patmos und war in Betrieb bis die Mitte 1960.

Während der Periode von 1866 bis 1869 wurde ein Burg von den Türken errichtet, um die kretische Revolution zu unterdrücken.

In den letzten Jahren führt der Dienst für die Überwachung der Prähistorischen und Klassischen Altertümer systematische Untersuchungen in dem archäologischen Gebiet von Aptera und Rettungs-Ausgrabungen in der umliegenden Region. Von dem Gemeinschaftlichen Förderkonzept wurden erhebliche Anstrengungen organisiert, um das  archäologische Gebiet bekannt zu machen.

(Autoren: Vanna Niniou – Kindelis, Angeliki Tsigou Archäologen)