Заселение Малии человеком в неолит (6000-3000 до н.э.) доказывается только наличием осколков, но с середины третьего тысячелетия до конца доисторического периода люди здесь жили постоянно.

Под дворцом были найдены поселения додворцового периода (2500-2000 гг до н.э.) и могилы того же периода, расположенные рядом с морем. Первый дворец был построен примерно в 2000-1900 до н. э. Уже существующее поселение, часть которого сохранилась вокруг дворца, затем была переделана в дворцовый центр города. Дворец был разрушен в 1700 году до н.э., а затем перестроен в 1650 году до н.э. на том же месте, по той же проектировке, и только через 50 лет были внесены некоторые изменения. Новый дворец был разрушен в 1450 году, как и другие минойские дворцы. В XIV-XIII вв. до н. э. эту местность ненадолго удалось вернуть. Остатки же римского поселения занимают довольно большую площадь в месте под названием «Мармара», где также сохранилась базилика VI века.

Английский адмирал Т. Т. Спрэтт, отправившийся на Крит в середине 19-го века, нашел золотые пластины в местечке «»Хеллинико Ливади» «. В 1915 году Иосиф Хацидакис начал пробные раскопки на холме «»Азимо»» и сумел обнаружить южную часть западного крыла дворца, а также могилы у моря, но ему пришлось приостановить исследования. В итоге раскопки возобновила Французская школа Археологии, которые с перерывами продолжаются и сегодня — во дворце, в различных частях города и на кладбищах на побережье. Результаты раскопок и исследований были опубликованы в работах А. ван Эфентера и О.Пелона, посвященных Криту и выходивших с 1928 года. Находки, обнаруженные во время раскопок, выставлены в музее Ираклиона, а часть из них — в музее Святого Николая.