Общая длина пещеры — 310 м. Внутри она состоит из больших и довольно высоких комнат шириной до 45 м. Использовать можно проходы длиной примерно 700 м. Пещера занимает площадь 500 кв. м, но, если учитывать наклон, площадь будет намного больше. Впервые пещера была изучена и нанесена на карту Э. Платакисом 11 августа 1963 г. Подробную карту составили в конце ноября 1969 г. члены Спелеологического общества Греции под руководством И. Иоанну. Вход в пещеру довольно большой (ширина 11,5 м, высота 6 м). Войдя, вы оказываетесь в первом зале (длина 22 м, ширина 20 м, высота 7 м). Пол наклонный из-за большого количества обрушившихся камней и низких искусственных стен. Слева есть небольшое расширение — оттуда можно попасть в узкий (0,2 м) проход, который потом расширяется до 6 м. Здесь мы тоже видим искусственные стены.
Из первого зала проход (ширина 14,5 м, высота 2,3-7 м) ведет в следующий, довольно большой (длина 65 м, ширина 45 м, высота 15 м), с наклонным полом и большими камнями, обвалившимися с потолка: все это производит сильное впечатление. На камнях можно заметить небольшие сталагмиты. В начале зала и потом по правой стороне есть много красивых колонн и поразительных сталагмитов, один из которых поднят выше остальных — он стоит на камне. Чуть дальше от середины комнаты вы увидите целую платформу со сталагмитами: с нее открывается впечатляющий вид во все стороны.
Потолок напоминает красивый свод. У стены комнаты справа от платформы есть щель глубиной 15 м. Спуск с левой стороны платформы очень крутой. Здесь порода словно украшена и спускается красивейшим каскадом. Пол по-прежнему идет под большим уклоном. В глубине этого зала есть проход шириной 6 м. Здесь начинается фантастический проход длиной 10 м и шириной 4 м, ведущий к следующий зал со сталагмитами (длина 20 м, ширина 17 м, высота 8 м). Мы уже ушли вглубь пещеры на 43 м. В конце зала открывается проход шириной 7,5 м и высотой 5 м. Пройдя по нему, мы окажемся в третьем зале, где уровень пола сначала медленно опускается до 35 м, а затем поднимается до 65 м. Войдя в этот зал, вы будете поражены его размером, а также великолепием природной красоты и абсолютной тишиной, которая вызывает очень сильные ощущения.
Длина этого зала — 100 м, ширина — 40 м, а высота превышает 15 м. От пола поднимаются огромные колонны и массивные сталагмиты, высота которых превосходит 10 м. Их диаметр у основания достигает 3 м. Все это складывается в единую картину, от которой просто дух захватывает. В этом зале есть большой балкон, с которого открывается необыкновенный вид. Из-за того, что пол резко поднимается, идти довольно трудно, тем более что он почти полностью покрыт камнями, очень большими и скользкими, и по ним часто приходится карабкаться. В конце зала находится проход шириной 9,5 м и высотой примерно 5 м, по полу которого тоже разбросано много камней. По этому наклонному проходу мы доходим до четвертого зала длиной 60 м, шириной 10-22 м и высотой 5 м.
В дальнем конце зала белые колонны и красивые сталагмиты образуют поразительное естественное украшение пещеры. У края комнаты есть скопление небольших колонн, между которыми открывается узкий проход шириной 1,2 м. Через него можно попасть в последний зал пещеры (длина 33 м, ширина 6 м, высота 0,5-2 м). Справа есть небольшой проход, и, если пройти по нему, то через 8 м вы увидите разветвление на два более узких прохода. В конце зала есть небольшое озеро (5,5 м*2 м), глубина которого доходит до 1 м. После озера пол поднимается и в конце концов вы оказывается у очень узкого прохода, шириной всего 30 см. Возможно, пещера продолжается, но пройти дальше нельзя. Здесь мы на 51 м глубже, чем у входа в пещеру. Это самая глубокая ее часть.
Туристам запрещается заходить за озеро или входить в коридор с разветвлениями. Это может быть очень опасным, поскольку пол (даже у озера) часто проваливается под ногами. Кроме того, может произойти обвал породы с потолка, и тогда вы будете отрезаны от выхода. Пещера образовалась на месте русла подземной реки, которая полностью пересохла — за исключением озера. С потолка повсюду обсыпались камни — как маленькие, так и довольно крупные. Пещера Пелекита считается одной из самых значительных туристических достопримечательностей во всем мире. Весь этот регион с великолепной пещерой, минойским дворцом Закрос, высокогорным святилищем Траосталос, Ущельем мертвых и чудесным пляжем неизменно привлекает много туристов.