Перед входом есть небольшой карстовый провал. В первый зал мы попадаем по крутому спуску длиной 3,5 м, который протянулся от входа до точки а. Длина зала — 24 м, а максимальная ширина -12 м. Большие скопления колонн разделяют зал на две части. По низкому, узкому проходу мы проходим во вторую часть. Слева мы сразу видим аккуратную платформу с небольшим водным бассейном, а стены покрыты интересными для геологов материалами. В правой части зала много колонн. С левой стороны в глубине комнаты мы увидим геологические образования, которые украшают стены.
По прохожу мы попадаем во второй зал (B), длина которого составляет 42 м, а максимальная ширина — 11 м. Здесь слева находится очень красивая платформа. В этом зале образовалось четыре комнаты (b,c,d,e). В комнату (e) ведут три узких прохода через колонны. Узкий спуск в левой половине комнаты ведет к большому озеру и цистерне для воды, куда можно входить только опытным участникам экспедиций, у которых есть специальная экипировка. Общая протяженность пещеры составляет 100 м.
Недалеко от Мегало Катафиги есть другая пещера, имеющая большое значение с точки зрения науки, — Микро Катафиги. На входе в нее есть небольшой зал, а слева под уклон уходит галерея длиной 40 м с водными бассейнами, великолепными колоннами и красивыми украшениями на стенах. В глубине можно заметить узкую расщелину и крутой спуск длиной 6-7- м — возможно, он ведет в другой зал. В пещере были обнаружены кости человека и млекопитающих.