Το 16ο-17ο αιώνα το ενετικό λιμάνι αποκτά την οριστική του μορφή. Στην είσοδό του δεσπόζει το επιβλητικό θαλάσσιο φρούριο, γνωστό σήμερα ως «Kούλες», όπως ονομάστηκε κατά την οθωμανική περίοδο.

Νότια και ανατολικά κτίζονται τα νεώρια, οι ταρσανάδες, όπου οι Ενετοί ναυπηγούν και εξοπλίζουν τα πολεμικά αλλά και εμπορικά πλοία τους. Η περιτείχιση του λιμανιού από τους Ενετούς δημιουργεί την ανάγκη επικοινωνίας με την πόλη. Δημιουργούνται έτσι δύο πύλες, η πύλη του Mόλου και η πύλη των Nεωρίων, οι οποίες ωστόσο δε διασώζονται σήμερα.!