Ο επιβλητικός ναός του Αγίου Μηνά, ένας από τους μεγαλύτερους στην Ελλάδα, θεμελιώθηκε στις 25 Μαρτίου 1862 ως εκδήλωση ευγνωμοσύνης των Ηρακλειωτών για την προστασία που πρόσφερε ο Αγιος στην πόλη. Η θέση στην οποία χτίστηκε, λέγεται ότι υποδείχθηκε από έναν καλόγερο, στον οποίο παρουσιάστηκε ο Άγιος Μηνάς σε όραμα.

Αρχιτέκτονας του ναού ήταν ο ηπειρώτης Αθανάσιος Μούσης, ο οποίος είχε αναλάβει επίσης τον Αγιο Τίτο και τους στρατώνες στην Πλατεία Ελευθερίας, το κτίριο που στεγάζει σήμερα την Νομαρχία Ηρακλείου και τα Δικαστήρια.

Η ανοικοδόμησή του ναού σταμάτησε στη διάρκεια της επανάστασης του 1866 και συνεχίστηκε το 1883. Η προσπάθεια για την ανέγερση του ναού σε τόσο δύσκολους καιρούς υποστηρίχτηκε από όλους τους Ηρακλειώτες με ενθουσιασμό. Αναφέρεται στην εφημερίδα “Ηράκλειο” της εποχής εκείνης, ότι στο λιμάνι του Ηρακλείου έφτασε ιστιοφόρο που μετέφερε οικοδομικά υλικά για το κτίσιμο του ναού.

Ωστόσο η επιτροπή που είχε αναλάβει την ανέγερση του ναού, δεν είχε τα χρήματα για να πληρώσει εργάτες να μεταφέρουν τα υλικά από το καράβι στον τόπο της οικοδομής. Το γεγονός αυτό πληροφορήθηκαν οι μαθητές του Ηρακλείου, που με ενθουσιασμό προσφέρθηκαν να ξεφορτώσουν το καράβι και να μεταφέρουν τα υλικά. Στήθηκε έτσι μια ανθρώπινη αλυσίδα από το λιμάνι μέχρι τον Αγιο Μηνά, που με τραγούδια ολοκλήρωσε την κοπιαστική εργασία.

Τα εγκαίνια του ναού έγιναν με μεγαλοπρέπεια το 1895 επί μητροπολίτη Τιμόθεου Καστρινογιαννάκη. Αν και η Κρήτη βρίσκονταν ακόμα υπό τουρκική κατοχή, οι γιορτές για τα εγκαίνια του Αγίου Μηνά κράτησαν 3 μέρες και ολόκληρο το Ηράκλειο είχε γίνει αγνώριστο από τους στολισμούς και τον λαμπρό φωτισμό.