Το Μοναστήρι του Προφήτη Ηλία με την ομώνυμη βυζαντινή εκκλησία του Προφήτη Ηλία, της Αγίας Τριάδας και της Αγίας Ζώνης είναι μια τρίκλιτη βασιλική με κυλινδρικό θόλο, έχει ένα καμπαναριό με δύο καμπάνες και μια επιγραφή του 1637. Το μοναστήρι είχε γίνει κέντρο των επαναστατών εναντίον των Τούρκων και γι΄ αυτό καταστράφηκε από αυτούς το 1821.
Το αρχιτεκτονικό σχέδιο του σημερινού Καθολικού προσαρμόζεται προς το γνωστό τύπο της τρίκλιτης βασιλικής, η οποία όμως έχει ένα τρούλο και μία μόνο αψίδα Ιερού. Στο μεγαλύτερο μέρος του ο Ναός είναι κτισμένος με πελεκητές ασβεστολιθικές πέτρες. Εσωτερικά έχει δύο κιονοστοιχίες, οι οποίες τον διαιρούν στα τρία κλίτη. Το δάπεδο του ιερού είναι κατά τρεις βαθμίδες υπερυψωμένο του κυρίως Ναού, ενώ στο θόλο εικονίζεται ο Παντοκράτωρ, έργο του Ρεθύμνιου ζωγράφου Γαλληνού το 1905. Τα ξυλόγλυπτα του Καθολικού είναι εξαιρετικής τέχνης.
Η συμβολή της Ιεράς Μονής Προφήτη Ηλία στην πνευματική καλλιέργεια των Ρεθυμνίων υπήρξε τεράστια. Κατά την παράδοση, στην εποχή της Τουρκοκρατίας λειτουργούσε στο χώρο της Μονής άτυπο σχολείο, στο οποίο μάθαιναν τα στοιχειώδη γράμματα μικροί μαθητές των κοντινών χωριών. Το 1808 η Μονή έλαβε πατριαρχικό έπαινο για τη μεγάλη της χρηματική συνεισφορά υπέρ των σχολείων της περιφέρειας Ρεθύμνου.
Στην περίοδο της αιγυπτιοκρατίας οι αρχές επέτρεψαν την ίδρυση πολλών ελληνικών σχολείων. Σημαντική συνεισφορά στις δαπάνες για τη χρηματοδότηση των σχολείων αυτών είχαν τα κατά τόπους Μοναστήρια, μεταξύ των οποίων και η Μονή Προφήτη Ηλία, όπως προκύπτει και από σχετικό έγγραφο του 1836. Το 1864 η Μονή διέθεσε ένα σημαντικό ποσό για την ανέγερση παρθεναγωγείου στο Ρέθυμνο.
Δύο ανέκδοτα πατριαρχικά έγγραφα της 26ης Ιουλίου 1861 και της 20ής Απριλίου 1865 καταδεικνύουν ότι η Μονή βοηθούσε ταυτόχρονα τα σχολεία της Επαρχίας και της Πόλης του Ρεθύμνου.
Επίσης, η Ιερά Μονή των Ρουστίκων βοήθησε πολλούς φιλομαθείς νέους στη συνέχιση των σπουδών τους και ανέδειξε λόγιους ηγουμένους και μοναχούς, πολλοί από τους οποίους υπήρξαν και γενναίοι αγωνιστές.