Το Παλάτι του Στρατιωτικού Διοικητή (Palazzo dell Capitan Generale) βρισκόταν στη θέση του σημερινού πάρκου Θεοτοκόπουλου, βόρεια του Δουκικού Ανακτόρου. Ήταν τριώροφο οικοδόμημα μεγάλων διαστάσεων, με πολλά τοξωτά ανοίγματα στο ισόγειο, όπως αποτυπώνεται στους χάρτες της ενετικής περιόδου. Περιελάμβανε ένα παρεκκλήσι και μεγάλη αυλή.
