Είναι φρουριακού τύπου με ένα μεγάλο οχυρό πύργο μέσα στον περίβολο για να προστατεύει τους μοναχούς από τους πειρατές που έφταναν από τη νότια θάλασσα. Πάνω από την πύλη της βλέπουμε τμήμα μιας παλιάς οπής που ονομαζόταν «φονιάς» ή «καταχύτρα». Μόλις πλησίαζε ο εχθρός οι μοναχοί έριχναν από εκεί καυτό λάδι ή μολύβι και τον έτρεπαν σε φυγή. Ο δίκλιτος ναός που βρίσκεται στο κέντρο του περιβόλου είναι αφιερωμένος την Παναγία και στους Αγίους Αποστόλους. Στο αρχικό κτίσμα έχουν γίνει διαδοχικές προσθήκες και στο εσωτερικό το σώζονται τοιχογραφίες, φορητές εικόνες γνωστών ζωγράφων, τέμπλο, σπουδαία ιερά άμφια.
Κατά την περίοδο της Τουρκοκρατίας η μονή υπήρξε έδρα των επαναστατών και καταφύγιο κυρίως με τον ήρωα Ξωπατέρα, ένα δυναμικό καλόγερο που πολέμησε μόνο τους ολόκληρη στρατιά Οθωμανών, μέχρι ότου τον σκότωσαν. Απομεινάρι του ένδοξου επαναστάτη είναι ο πύργος του Ξωπατέρα. Επίσης η μονή λειτούργησε ως κέντρο διάδοσης των καλλιτεχνικών ρευμάτων που έφταναν στην Κρήτη από την Κων/πολη. Στην οδηγήτρια ζουν σήμερα 2 καλόγεροι που διατηρούν την παράδοση των μοναχών και των παλιών σκητών των Αστερουσίων.