Το Μουσείο της Μονή Τοπλού περιλαμβάνει τις εξής συλλογές:

• Συλλογή Κρητικών εικόνων,
• Συλλογή χαρακτικών.

Τα σημαντικότερα εκθέματα του Μουσείου της Μονής είναι:

• Παναγία η Αμίαντος, 15ος αιώνας. Φορητή εικόνα
• Χριστός Παντοκράτωρ, 15ος αιώνας. Έργο του ζωγράφου Ανδρέα Ρίτζου. Φορητή εικόνα,
• Άγιος Ιωάννης ο Πρόδρομος και σκηνές του βίου του, 17ος αιώνας. Έργο του Φ. Καβερτζά. Φορητή εικόνα,
• Η Κοίμηση της Θεοτόκου, 15ος αιώνας. Φορητή εικόνα,
•  Παναγία η Αμόλυντος, 15ος αιώνας. Φορητή εικόνα,
•  Παναγία του Πάθους και Άγιος Νικόλαος, 1642. Φορητή εικόνα,
•  Άγιοι Θεόδωροι, 1723. Έργο του ζωγράφου Νικήτα. Φορητή εικόνα,
•  Αγία Τριάδα, 17ος αιώνας. Φορητή εικόνα,
• Άγιοι Ιγνάτιος και Σάββας, 17ος αιώνας. Φορητή εικόνα,
• Άγιοι Αθανάσιος, Κύριλλος και Άγιος Ιωάννης ο Ελεήμων, 17ος αιώνας. Φορητή εικόνα.

!