Στο όμορφο αυτό μουσείο που στεγάζεται στο αναστηλωμένο Τέμενος Μασταμπά και είναι τμήμα του Μουσείου Γουλανδρή Φυσικής Ιστορίας, πραγματοποιούνται σύντομες στάσεις στη διαδρομή που ακολούθησε η Κρήτη τα τελευταία 300 εκατομμύρια χρόνια.

Πολύ σημαντικό είναι το υλικό των Πλειστοκαινικών ενδημικών ελεφάντων και ελαφιών της Κρήτης, όλα ευρήματα από την περιοχή του Ρεθύμνου. Παρουσιάζονται επίσης ανάμεσα στ’ άλλα, απολιθώματα προερχόμενα από Παλαιοζωικές, Μεσοζωικές και Καινοζωικές θαλάσσιες αποθέσεις της Κρήτης.!