Θεωρείται το αρχαιότερο μοναστήρι στη Κρήτη, καθώς ιδρύθηκε στα μέσα του 11ου αιώνα. Ιδρυτής του θεωρείται ο Άγιος Ιωάννης ο Ξένος ή Ερημίτης, ο οποίος έζησε στη σπηλιά όπου είναι κτισμένος ο σπηλαιώδης ναός αφιερωμένος στον ίδιο (εορτάζει στις 20 Σεπτεμβρίου). Οι τριγύρω σπηλιές αποτέλεσαν αρχικά καταφύγιο για τους μοναχούς που έφτασαν εδώ, ενώ αργότερα κτίστηκαν και τα κελιά της μονής. Όταν οι ακτές της Κρήτης αποτέλεσαν στόχο των πειρατών της Μεσογείου, οι μοναχοί αναγκάστηκαν να μεταφερθούν σε πιο απόμερο μέρος κι έτσι ίδρυσαν την μονή Γουβερνέτου.
Το μοναστήρι σήμερα είναι ερειπωμένο και η πρόσβαση γίνεται μέσω καλντεριμιού που ξεκινάει από τη μονή Γουβερνέτου (20-30’). Στο χώρο του μοναστηριού θα δείτε τον ναό του Αγίου Ιωάννη και τη σπηλιά, τα ερειπωμένα κελιά των μοναχών και το παλιό εντυπωσιακό γεφυράκι που διασχίζει τον ποταμό του φαραγγιού. Κάτω από το δάπεδο της γέφυρας έχει αρκετούς αποθηκευτικούς και βοηθητικούς χώρους.
Επίσης, αν συνεχίσετε 10’ λεπτά προς τη θάλασσα, θα βρεθείτε σε ένα υπέροχο μικρό φιόρδ με γαλαζοπράσινα νερά, στο οποίο υπάρχουν ερείπια από το παλιό λιμάνι της μονής. Επίσης, κοντά υπάρχει ένας μεγάλος βράχος με μορφή που θυμίζει καράβι. Σύμφωνα με το θρύλο, ο βράχος αυτός είναι πειρατικό καράβι που πέτρωσε μετά από τις κατάρες του ηγούμενου του Καθολικού.
