Η μονή, κτισμένη κατά την Ενετοκρατία, είναι αφιερωμένη στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο και αποτελεί μετόχι της Μονής Βιδιανής, στο Οροπέδιο Λασιθίου. Η μονή με τη σημερινή της μορφή είναι σχετικά νέα και πιστεύεται ότι κτίστηκε πάνω στα ερείπια παλαιότερου μοναστηριού, κελιά του οποίου σώζονται (σε ερείπια) στην κοντινή εκκλησία του Προφήτη Ηλία.
Σήμερα η μονή ανακαινίζεται από το Σύλλογο «Φίλοι της Μονής Καλλέργη». Το κεντρικό κτίριο έχει αναστηλωθεί, ενώ έχει διαμορφωθεί και τράπεζα. Έξω από τον περίβολο της μονής υπάρχει νεώτερος δίκλιτος ναός, αφιερωμένος στον Αγ. Γεώργιο και στον Άγιο Σπυρίδωνα. Επίσης, υπάρχει κι ένα παρεκκλήσι, αφιερωμένο στους Κρήτες Νεομάρτυρες.