Το σπήλαιο της “Αγίας Σοφίας” διανοίγεται στα δυτικά τοιχώματα του φαραγγιού των Τοπολίων, σε απόσταση 47 χλμ. από την πόλη των Χανίων. Αποτελείται από δύο αίθουσες σε διαφορετικά επίπεδα.
Η κάτοψη του σπηλαίου είναι σχήματος περίπου κυκλικού με διάμετρο 50 μ. Το ύψος του είναι μεταβλητό και σε ορισμένα σημεία φθάνει τα 20 μ. Η είσοδος του έχει άνοιγμα 25 μ. και στο αριστερό της άκρο βρίσκεται το εκκλησάκι της Αγ. Σοφίας, διαστάσεων 6Χ3 μ. Το σπήλαιο παρουσιάζει αρχαιολογικό και ιστορικό ενδιαφέρον.
Ο P. Faure αναφέρει ότι εντόπισε χαρακτηριστικά όστρακα της νεολιθικής, κλασικής και ρωμαϊκής περιόδου. Το 1963 ο S. Hood ανακάλυψε ένα πήλινο ειδώλιο, που χρονολογείται στο τέλος του 4ου αι. π.Χ., καθώς και κεραμική νεολιθικών, πρωτομινωικών, υστερομινωικών ΙΙΙ, κλασικών, ελληνιστικών και ρωμαϊκών χρόνων.
