Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνης που ιδρύθηκε το 1887 από το φιλεκπαιδευτικό σύλλογο Ρεθύμνης, στεγάζεται σήμερα στο πενταγωνικό οχυρό μπροστά ακριβώς από την κεντρική/ανατολική πύλη της Φορτέτζας. Το κτήριο είναι ένα από τα αμυντικά έργα των Τούρκων που το τοποθέτησαν εκεί με σκοπό την αμυντική κάλυψη της κεντρικής εισόδου του φρουρίου. Στην έκθεση του μουσείου όπου τα αρχαιολογικά ευρήματα είναι τοποθετημένα κατά αρχαιολογική σειρά, περιλαμβάνονται οι παρακάτω συλλογές: Υστερονεολιθικά και πρωτομινωικά ευρήματα, κυρίως αγγεία, εργαλεία και ειδώλια από τα σπήλαια Γερανίου και Μελιδονίου.

Αντικείμενα μεσομινωικής εποχής από τους αρχαιολογικούς χώρους Μοναστηρακίου, Αποδούλου και Βρύσινα. Εντυπωσιακά στο σύνολο αυτό είναι το σύνολο των σφραγισμάτων από το Μοναστηράκι καθώς και το ομοίωμα οικίσκου από τον ίδιο χώρο. Ευρήματα υστερομινωικής εποχής κυρίως από το νεκροταφείο των Αρμένων αλλά και από άλλες περιοχές όπως Μασταμπά, Σταυρωμένο, Παγκαλοχώρι, Σύβριτος.

Στα αντικείμενα περιλαμβάνονται χάλκινα εργαλεία και όπλα, ένα εντυπωσιακό οδοντόφρακτο κράνος, πλούσια κεραμική, κοσμήματα και σφραγιδόλιθοι. Επίσης πήλινα ειδώλια ανάμεσα στα οποία η περίφημη θεά με υψωμένα χέρια από το Παγκαλοχώρι. Εντυπωσιακές είναι και οι πήλινες λάρνακες με το φυτικό και γεωμετρικό διάκοσμο που προέρχονται κυρίως από το νεκροταφείο των Αρμένων. Ευρήματα γεωμετρικών – αρχαϊκών χρόνων κυρίως από τους αρχαιολογικούς χώρους Αξού και Ελεύθερνας.

• Αντικείμενα κλασικής, ελληνιστικής και ρωμαϊκής εποχής κυρίως από τις περιοχές Σταυρωμένου και Αργυρούπολης. Στο σύνολο αυτό ξεχωρίζουν οι ρωμαϊκοι λύχνοι με παραστάσεις, τα χρυσά κοσμήματα από την περιοχή Σταυρωμένου και τα υάλινα αγγεία ελληνιστικής και ρωμαϊκής εποχής.
• Συλλογή νομισμάτων.
• Ειδώλια από το Μελιδόνι και την Αξό και άγνωστης προέλευσης αγγεία κλασικής και ελληνιστικής εποχής.
• Επιγραφές από την περιοχή της Ελεύθερνας και συλλογή γλυπτών από τις περιοχές Σταυρωμένου, Ελεύθερνας, Αργυρούπολης.

!