Le palais de Zakros est le quatrième de Crète par sa taille. Situé à un point stratégique important, sur un petit golfe protégé, il constituait un centre d’échanges commerciaux avec les pays d’Orient, comme en témoignent les objets trouvés sur place (ivoires, faïences, bronzes, etc.).

Le palais était le centre administratif, religieux et commercial. Il était entouré de la ville. On a relevé aucune nouvelle construction sur le site, mais uniquement quelques cultures. Des tombes ont été découvertes dans des grottes situées sur les versants de la « Vallée des morts », les gorges allant de Pano Zakros à Kato Zakros. Les pièces découvertes à Zakros sont exposées au musée d’Héraklion ; certaines se trouvent dans les musées de Sitia et d’Agios Nikolaos.

Le palais de Zakros a été construit en deux phases principales : la partie la plus ancienne remonte à 1900 av. J.-C. alors que la plus récente date de 1600 av. J.-C. et a été détruite, comme les autres centres de la Crète minoenne, vers 1450 av. J.-C.

La surface totale du palais de Zakros et de ses bâtiments annexes dépasse 8 000 m² ; on estime qu’il comptait environ 300 appartements – y compris les étages – ayant diverses fonctions. Le palais suit le plan de base des autres palais minoens avec une entrée principale du côté est et une seconde porte centrale sur le côté nord-est, où aboutissait une route pavée provenant du port.

Un corridor incliné descend vers la porte nord-est et se dirige vers la cour centrale, de 30 x 12 m. La cour était le cœur du bâtiment et l’endroit où se déroulaient les cérémonies religieuses. Elle était entourée de façades et de portiques magnifiques avec des colonnes-piliers soutenant des vérandas, alors qu’un autel se trouvait dans l’angle nord-ouest.

L’aile ouest, le lieu de culte par excellence dont l’entrée principale était flanquée de deux plus petites, faisait face à l’autel. Il y avait un vestibule, une pièce et une grande salle de cérémonie hypostyle (12 x 10 m) avec un puits de lumière péristyle et un polythyron dont une baie donnait sur une « salle des banquets », ainsi baptisée après la découverte d’amphores et de cruches. La partie ouest de l’aile était occupée par le sanctuaire composé de 11 pièces, dont certaines possédaient des écrins et des niches. La partie principale du sanctuaire était une petite pièce – non accessible au public – bordée d’un muret où l’on posait des objets. À proximité, se trouvait un bassin lustral souterrain, tandis qu’il y a avait trois pièces annexes au sud : l’atelier d’un tailleur de pierres, une réserve et un trésor, l’unique dans le monde minoen qui a été retrouvé intact. Les objets de culte qui y ont été découverts sont de véritables chefs d’œuvre.

Plus à l’ouest se trouvent les archives où des boites placées sur des étagères contenaient des textes en linéaire A sur des plaquettes d’argile. Au sud, dans les dépôts du sanctuaire, des objets de culte étaient conservés dans des compartiments en briques. Au dehors de la façade ouest, des ateliers ont été ajoutés lors d’une phase de construction ultérieure.

Dans l’aile est se trouvaient les appartements royaux et le centre administratif : l’« appartement de la reine », doté d’un polythyron, l’« appartement du roi » – la plus grande pièce du palais – tandis qu’à partir de la cour centrale, un polythyron donnait accès à la « salle de la citerne » au centre de laquelle se trouvait une citerne souterraine circulaire de 7 m de diamètre et un parapet soutenant une rangée d’au moins cinq colonnes. Deux autres installations, un puits et une fontaine, se trouvaient dans cette aile.

Dans l’aile sud, il y avait un petit ensemble d’ateliers pour la fabrication de parfums et de petits objets de faïence, de cristal, etc. Dans l’aile nord se trouvaient un grand escalier conduisant à l’étage supérieur, les « débarras des appartements royaux », des bains et une grande pièce accessible d’un couloir, qui devait être une cuisine et qui desservait la salle des banquets à l’étage du dessus.