À l’entrée nord de la baie d’Elounda, jouissant d’une position-clé pour le contrôle de son port naturel, se trouve la petite île de Spinalonga, d’une superficie de 85 000 m² et d’une altitude de 53 m. L’île a été fortifiée dans l’Antiquité, probablement durant la période hellénistique, par un grand mur d’enceinte. Sur les ruines d’un fort antique, les Vénitiens bâtirent une puissante forteresse en appliquant le système de fortification du bastion de Genese Bressani et Latino Orsini.

La première phase de construction de la forteresse dura de 1579 à 1586. On utilisa du calcaire local dur et du grès tendre, extrait sur le côté est de l’île et sur la presqu’île voisine « Nisi » ou « Kolokitha ». La forteresse a subi des réparations et des modifications avant et pendant la guerre de Crète (1645-1669).

La fortification de l’île est constituée de deux ceintures. La première suit le périmètre des côtes tandis que la seconde repose sur les rochers de la crête. Deux murs transversaux, l’un au sud-ouest et l’autre au nord-est de l’île, relient les deux ceintures. Aux points stratégiques de la fortification se trouvent deux bastions en demi-lune, Michel et Moceniga ou Barbariga, qui constituent de remarquables ouvrages de fortification du point de vue architectural.

Sous l’occupation vénitienne, la forteresse fut utilisée à des fins militaires. Les bâtiments qui existaient à l’intérieur couvraient les besoins d’hébergement de la garde. Pendant la guerre de Crète (1645-1669), Spinalonga offrit un abri aux réfugiés et aux rebelles qui en firent leur base pour harceler les Turcs. Leur action dura tant que les Vénitiens occupaient la forteresse. Par le traité de reddition de Chandakas en 1669, Spinalonga resta aux mains des Vénitiens. De la période vénitienne subsistent les citernes voutées, le bâtiment de la garde, les trois tours et la poudrière à proximité de l’église Agiou Nikolaou, qui existait avant la forteresse. Au cours de la guerre de Crète (1645-1669), les fortifications furent restaurées et complétées. C’est alors que furent construites les églises Agiou Panteleimona et Agiou Georgiou.

Après l’occupation de l’île par les Turcs en 1715, Spinalonga se transforme en un site exclusivement ottoman. Au cours des premiers siècles de l’occupation ottomane, la forteresse est marginalisée et sert de lieu d’exil et d’isolement. Toutefois, à la fin du XIX^e siècle, la situation change. Le port de Spinalonga voit son rôle renforcé par l’octroi d’une licence d’exportations. Vers le milieu du XIX^e siècle, l’île compte un grand nombre d’habitants, marchands et marins pour la plupart, qui profitent de la sécurité du village fortifié tout en exploitant les voies commerciales de la Méditerranée orientale.

La vie de l’île fut brutalement interrompue par les événements politiques qui survinrent en Crète à la fin du XIX^e siècle. L’insécurité qui menaçait les Ottomans de Crète en raison de l’action révolutionnaire de Chrétiens poussa la majorité des habitants de Spinalonga à émigrer. À partir de 1897 et pendant un an environ, des forces militaires françaises s’installent à Spinalonga.

En 1903, l’État crétois décide l’isolement des lépreux et la création d’une léproserie à Spinalonga afin de pouvoir proposer une aide coordonnée aux personnes atteintes de la maladie de Hansen. L’existence pénible des malades qui vécurent sur l’île jusqu’en 1957 a marqué le site et en a fait un lieu de martyre et de mémoire collective.