À courte distance, à l’est de l’église Agia Ekaterini, se trouve une modeste petite église, dédiée à Saint Minas le protecteur de la ville depuis 1735. Cette église possède une magnifique iconostase et des icônes du peintre G. Kastrofylakas. En 1862, après plusieurs périodes de rebellions contre les Ottomans, les Chrétiens d’Héraklion décidèrent de bâtirent une église plus majestueuse en l’honneur de leur saint protecteur, selon les plans de l’architecte Athanasios Mousis, spécialement venu de Constantinople.
Les travaux de construction furent interrompus pendant la révolution de 1866-1869 et l’église fut finalement achevée en 1895. Par son exceptionnelle décoration intérieure et son aspect extérieur majestueux, Agios Minas est l’une des plus imposantes églises de la Crète.