L’église du monastère de Profitis Ilias, dédiée au Prophète Élie, à la Sainte Trinité et à la Ceinture sainte (Agia Zoni) est une basilique à trois nefs. Elle possède un dôme, un clocher à deux cloches et une inscription de 1637. Le monastère était devenu le centre des rebelles contre les Turcs et c’est pourquoi ces derniers le détruisirent en 1821.
Le plan architectural de l’actuel catholicon est adapté au type bien connu de la basilique à trois nefs, qui a cependant un dôme et une seule abside dans le sanctuaire. L’église est essentiellement construite en pierres taillées de calcaire. À l’intérieur, deux colonnades séparent les trois nefs. Le sol du sanctuaire est surélevé de trois marches par rapport au reste de l’église, tandis que le dôme est décoré d’un Christ Pantocrator, réalisé en 1905 par Gallenos, un artiste de Réthymnon. Les sculptures en bois du catholicon sont d’excellente qualité.
La contribution du monastère de Prophitis Ilias à l’éducation des habitants de Réthymnon fut immense. Selon la tradition, sous l’occupation ottomane, le monastère abritait une école informelle où les enfants des villages voisins recevaient un enseignement élémentaire. En 1808, le monastère reçut les éloges du Patriarcat pour l’importante aide financière allouée aux écoles de la région de Réthymnon.
À l’époque de la domination égyptienne, les autorités autorisèrent la création de nombreuses écoles grecques. Ainsi qu’il ressort d’un document datant de 1836, les monastères locaux, dont celui de Profitis Ilias, participaient de manière significative aux dépenses de ces écoles. En 1864, le monastère consacra un montant important à la construction d’une école de jeunes filles à Réthymnon.
Deux documents du Patriarcat, non publiés, du 26 juillet 1861 et du 20 avril 1865 prouvent que le monastère soutenait aussi bien les écoles des campagnes que celles de la ville de Réthymnon. De plus, le monastère de Roustika aida de nombreux jeunes gens à poursuivre leurs études et leur a permis de devenir des higoumènes et des moines, bon nombre desquels furent aussi de braves combattants.
