Le Palais du général en chef (Palazzo dell Capitan Generale) se trouvait à l’emplacement actuel du parc Theotokopoulou, au nord du palais ducal. C’était un grand bâtiment de trois étages, possédant de nombreuses arcades au rez-de-chaussée, comme en témoignent les plans de la période vénitienne. Il comprenait également une chapelle et une grande cour.