Le musée du monastère de Toplou abrite les collections suivantes :

• Collection d’icônes crétoises.
• Collection de gravures.

Les principales pièces exposées dans le musée du monastère sont les suivantes :

• Vierge Amiantos, XV^e siècle. Icône portative
• Christ Pantocrator, XV^e siècle. Œuvre du peintre Andreas Ritzos. Icône portative.
• Saint Jean le Précurseur et scènes de sa vie, XVII^e siècle. Œuvre de F. Kavertzas. Icône portative.
• La Dormition de la Vierge, XV^e siècle. Icône portative.
• L’Immaculée, XV^e siècle. Icône portative.
• Vierge de la Passion et Saint Nicolas, 1642. Icône portative.
• Saint Théodore, 1723. Œuvre du peintre Nikitas. Icône portative.
• Sainte Trinité, XVII^e siècle. Icône portative.
• Saints Ignatius et Savas, XVII^e siècle. Icône portative.
• Saints Athanase, Cyril et Jean le Miséricordieux, XVII^e siècle. Icône portative.