Des inscriptions attestent que l’église à deux nefs située au centre du monastère a été construite en 1587 et dédiée à Saint Constantin et à la Transfiguration du Sauveur. Cette église provient de la restauration d’une église antérieure qui, d’après une autre inscription, avait été édifiée au XIVe siècle. Située au centre du plan carré du monastère, l’église est entourée des cellules des moines et des salles annexes.
Le monastère d’Arkadi est indiscutablement devenu un symbole d’autosacrifice et de liberté au cours de la révolte de 1866-1869, lorsque les habitants assiégés préférèrent se sacrifier et mourir plutôt que se rendre aux Turcs. La main courageuse de Kostis Giamboudakis, originaire du village d’Adele, n’hésita pas à mettre le feu à la poudrière où s’étaient rassemblés les assiégés et à faire exploser tout le monastère, en faisant ainsi un symbole de bravoure et de liberté.
Le musée du monastère expose la bannière sacrée de la révolution et d’autres objets précieux, comme des ustensiles religieux, des habits brodés d’or et des armes. Selon une inscription encore bien visible à la base du clocher, l’église a été construite en 1587, à l’époque où la Crète était occupée par les Vénitiens. Cela explique la multitude d’éléments architecturaux de la Renaissance, que le visiteur remarquera au premier coup d’œil.
L’impressionnante façade de l’église se divise en deux parties. La partie intérieure présente quatre paires de colonnes de style gothique possédant des éléments romains. Les chapiteaux corinthiens des colonnes sont surmontés d’un entablement corinthien, alors que les colonnes sont séparées par trois arcs en plein cintre que soutiennent des montants. Les deux arcades des extrémités ont une ouverture circulaire au centre, dont le périmètre est orné de palmettes.
Au-dessus de l’entablement corinthien, la deuxième partie de la façade comprend une série de moulures et d’ouvertures en forme d’ellipse qui sont situés exactement au-dessus des ouvertures circulaires de la partie inférieure. Un clocher se dresse au centre de la partie supérieure de la façade, tandis que les extrémités sont ornées de deux obélisques d’inspiration gothique.
L’agencement harmonieux des éléments architecturaux, comme les arcades et les obélisques gothiques, les palmettes de la Renaissance, les moulures corinthiennes de la Renaissance tardive et les volutes baroques, ne donne pas seulement une allure plus impressionnante à la façade mais montre aussi que l’architecte d’Arkadi a été influencé par les architectes de la Renaissance et, en particulier, par les œuvres de Sebastiano Serlio et Andrea Palladio.