Le nom de Pelekita (« taillés » en grec) donné à toute la région provient de la carrière située en deçà de la grotte, près de la mer. On y extrayait des pierres taillées du calcaire marneux datant du Miocène. La grotte doit son autre appellation (grotte du figuier) au grand figuier qui se trouve à droite de l’entrée en dessous de la grotte, d’où l’on a une vue aérienne sur la mer. La grotte Pelekita compte parmi les plus grandes de Crète. Elle a une longueur totale de 310 m.
Elle possède des salles assez hautes, d’une largeur allant jusqu’à 45 m. Des couloirs d’environ 700 m de long peuvent y être exploités. Elle couvre une superficie d’environ 500 m2 qui, si l’on tient compte de la déclivité du sol, est encore plus grande. Elle a été cartographiée (grossièrement) et étudiée pour la première fois par E. Platakis le 11 août 1963.
Une cartographie complète a été réalisée fin novembre 1969 par des membres de la Société grecque de spéléologie dirigée par I. Ioannou. L’entrée de la grotte est grande (11,5 m de largeur et 6 m de hauteur). S’ouvre ensuite la première salle (de 22 m de long, 20 m de large et 7 m de haut) dont le sol est incliné vers le bas et où se trouvent de nombreux rochers et des parois artificielles basses. Vers la gauche, une prolongation conduit à un passage étroit (0,2 m) qui atteint ensuite 6 m. On rencontre à nouveau des murs artificiels.
Après la première salle, un passage (de 14,5 m de large et 2,30-7 m de haut) mène à la deuxième salle, vaste et très spectaculaire (de 65 m de long, 45 m de large et 15 m de haut) dont le sol est également incliné et où de grands rochers sont tombés du plafond. Les rochers sont couverts de petites stalagmites.
Au début et vers la droite de la salle se trouvent de majestueux piliers et de spectaculaires stalagmites, dont l’une penche vers le rocher et en touche le sommet. Plus loin, vers le milieu de la salle, une belle plateforme avec des stalagmites offre une vue impressionnante dans toutes les directions. Au-dessus, le plafond ressemble à une magnifique coupole. À droite de la plateforme, près de la paroi, se trouve un gouffre d’une profondeur de 15 m. À gauche de la plateforme, la descente est très abrupte.
Là, sur un rocher compact, la décoration géologique est remarquable et évoque des cascades. Le sol continue d’être très pentu. Au fond de la salle s’ouvre un passage de 6 m de largeur. De là commence un spectaculaire couloir long de 10 m et large de 4 m qui mène à une salle contenant des stalagmites (20 m de long, 17 m de large et 8 m de haut). Nous sommes ici à une profondeur de 43 m par rapport à l’entrée de la grotte.
À la fin de la salle, on rencontre un passage de 7,5 m de large et de 5 m de haut. En descendant par ce passage, on entre dans la troisième salle, dont le sol descend d’abord sur 35 mètres puis remonte sur 65 m. Dès son entrée dans cette salle, le visiteur sera impressionné par les dimensions, par la majesté de la décoration géologique et par le calme absolu qui provoque une profonde émotion. La salle mesure 100 m de long, 40 m de large et plus de 15 m de haut. D’immenses piliers et de volumineuses stalagmites s’élèvent jusqu’à une hauteur de 10 m. À la base, leur diamètre atteint 3 mètres.
Ils composent un ensemble exceptionnel par sa beauté et sa majesté. Dans cette salle également, un grand balcon offre au visiteur un spectacle magnifique. Le sol incliné rend la marche très difficile ; il est presque recouvert de grands rochers, très glissant, et il est parfois nécessaire d’escalader. La salle aboutit à un passage de 9,5 m de large et environ 5 m de haut, avec beaucoup de rochers par terre. Le sol descend immédiatement vers la quatrième salle qui mesure 60 m de long, 10-22 m de large et 5 m de haut. La dernière partie de cette salle possède une abondante décoration naturelle faite de piliers blancs et de jolies stalagmites.
À l’extrémité de la salle, il existe un ensemble de petites colonnes laissant un étroit passage de 1,2 m de large. Ce passage conduit à la dernière salle de la grotte (33 m de long, 6 m de large et 0,5-2 m de haut). Vers la droite s’ouvre un petit couloir, qui au bout de 8 m se divise en deux autres plus étroits. Près du fond de la salle, il y a un petit lac (5,5 x 1,2 m) où l’eau atteint 1 m de profondeur.
Après le lac, le terrain remonte jusqu’à un passage très étroit (0,30 m de large). La grotte continue peut-être mais le passage est impossible. Nous sommes alors à une profondeur de 51 m (à la verticale) par rapport à l’entrée de la grotte, c’est-à-dire au point le plus profond. Les visiteurs ne doivent pas s’aventurer au-delà du lac ni entrer dans le couloir et ses embranchements. Leur sécurité serait compromise car le sol (même près du lac) se dérobe sous les pas et de la boue et d’autres matériaux se détachent du plafond et risquent de bloquer la sortie.
La grotte est le lit d’une ancienne rivière souterraine, désormais asséchée hormis la partie du lac. Des rochers, petits ou très gros, sont tombés de toutes les parties du plafond. La grotte Pelekita est considérée comme une grotte d’intérêt touristique international. Cette merveilleuse grotte, le palais minoen de Zakros, le sanctuaire de sommet de Traostalos, la Gorge des morts et la magnifique plage constituent un ensemble d’une importance touristique considérable.