La grotte d’Agia Sofia est creusée dans les parois ouest des gorges de Topolia, à 47 km de la ville de Chania. Elle consiste en deux salles situées sur deux niveaux différents.

La grotte a une forme quasiment circulaire, d’un diamètre de 50 m. Sa hauteur varie et atteint 20 mètres par endroits. L’entrée est un porche de 25 m de large, à l’extrémité gauche duquel se trouve la petite chapelle d’Agia Sofia (Sainte-Sophie), de 6 x 3 m. La grotte présente un intérêt archéologique et historique.

Faure indique y avoir trouvé des tessons caractéristiques des périodes néolithique, classique et romaine. En 1963, S. Hood y a découvert une statuette en terre cuite, datant de la fin du IV^e s. av. J.-C., ainsi que des poteries des époques néolithique, minoenne ancienne, minoenne récente III, hellénistique et romaine.