Diverses grottes de Crète jouaient un rôle capital dans la religion minoenne et en constituèrent les plus anciens lieux de culte. Ces grottes étaient principalement des centres de la religion populaire.

Selon les sources anciennes, d’importantes déesses trouvèrent refuge dans des grottes et de jeunes dieux y virent le jour. Les fidèles y laissaient diverses offrandes, parfois riches et considérables. Les stalactites et les stalagmites, dont les formes étranges prenaient une allure encore plus fantastique dans la profonde obscurité des grottes et à la faible lueur des lampes, influençaient les fidèles et contribuaient à leur ferveur.

L’une des grottes les plus importantes était celle d’Eileithyia, qui se trouve à 7 km à l’est d’Héraklion, près d’Amnisos. Elle est creusée dans les flancs est de la vallée de la rivière Karteros, à l’intérieur des terres. Oblongue et orientée est-ouest, elle a pour dimensions maximales 64 x 9 x 4,5 m.

À l’origine, cette grotte fut habitée par des hommes préhistoriques, mais elle devint au troisième millénaire un lieu de culte minoen. Ensuite, elle conserva son rôle jusqu’au V^e-VI^e s. ap. J.-C. Constituant l’un des centres religieux les plus sacrés, elle parvint à survivre à deux civilisations (minoenne et hellénique) et à trois religions (minoenne, mycénienne et dodécathéisme) et à conserver toute son importance.

Eileithyia, dont cette grotte était le principal lieu d’adoration, était la déesse des accouchements. Selon la légende, que cite Homère (t 188), la déesse Héra lui aurait donné le jour dans cette grotte. Les découvertes réalisées sur le site témoignent d’une utilisation continue de la grotte du Néolithique à la période romaine récente. Son utilisation a été systématique surtout aux périodes néolithique, minoenne et romaine. On a également trouvé des traces de culte de l’époque paléochrétienne (V^e s.).

La grotte a une longueur de 62,3 m (d’est en ouest) et son entrée se trouve à l’est. Sa largeur atteint 12 m par endroits. À l’intérieur, il y avait une salle rectangulaire (« loge des cavernes ») et une enceinte rectangulaire qui entourait des stalagmites cylindriques (autel ou cella ?). La « Place des autels » se trouve juste en dehors de la grotte et servait probablement à des sacrifices. On y a découvert des bâtiments des XIV^e-XIII^e s. av. J.-C. dont les archéologues pensent qu’il s’agissait d’habitations de prêtres.

La grotte a été découverte en 1885 par I. Chatzidakis, qui l’a identifiée comme étant la grotte homérique du culte d’Eileithyia, la déesse de accouchements. Les fouilles effectuées par Marinatos de 1929 à 1938 attestent de son utilisation au Néolithique, au Minoen ancien, moyen et récent et à la période géométrique.