La salle suivante, l’« Autel », est plus petite (24×8,5×25) et certains indices montrent que des sacrifices y avaient lieu. À l’extrémité gauche de la première salle, un passage descend au « Sanctuaire », une salle de 15 x 8 x 3 m. De là, un couloir remonte par une autre sortie vers la première pièce.
Entre l’Autel et le Sanctuaire, un couloir de 12 m conduit à la Salle du culte (12x12x14) qui ressemble à une coupole et possède une spectaculaire décoration naturelle. Une montée de 4 mètres conduit à la Salle de prière, sur laquelle s’ouvre une étroite petite pièce (les habitants l’appellent « Eklisaki » ou « Petite église »). La grotte a une longueur de 170 m, une surface totale d’environ 2500 m2 et un parcours de visite de 450 m.
La grotte n’a pas été fouillée de façon systématique mais les recherches font apparaître qu’elle a été utilisée comme lieu de culte à l’époque minoenne. De nombreuses stalagmites portent des traces de gravure et auraient pu être des objets de culte.
