Im Jahre 1557 wurde sie fast von den Fundamenten wieder aufgebaut nach dem großen Brand von 1554. Bei der Rekonstruktion, 1557 bekam sie eine quadratische Königliche Form mit einer Kuppel und Turm in der Mitte an der südwestlichen Ecke. Während der Osmanischen Zeit wurde sie zur Moschee umgewandelt. Diese Kirche wurde von dem großen Erdbeben von 1856 völlig zerstört und von Grund auf nach den Plänen des Architekt Musis, der auch und Agios Minas entworfen hatte, umgebaut. Die Kirche blieb eine Moschee bis in die Zeit von etwa 1922. Im Jahr 1925, nach Reparaturen und Umbauten wurde sie erneut eine orthodoxe Kirche, etwa 700 Jahre nach der Eroberung Kretas durch die Venezianer und die Türken.
Heute ist St. Titos mit dem Gleichnamigen Quadrat Platz, eine der schönsten Stellen der Stadt von Iraklion, mit den großen Platanenbaum hoch aufragenden zwischen den Gebäude Loggia und der Kirche.