In der Küstensiedlung Panormos, 20 km südlich der Stadt Rethymno, befindet sich die große frühchristliche Basilika. Der Tradition nach ist sie der Agia Sophia geweiht und dieser Name wurde der weiteren Umgebung gegeben.

Die Kirche stammt aus dem 5. Jahrhundert, hat jedoch mindestens zwei Herstellungsperioden, die eine Mitte des 6. Jahrhunderts und eine dritte am Ende des gleichen Jahrhunderts. Sie wurde im 7. Jahrhundert wahrscheinlich aufgrund der Arabischen Angriffe zerstört, so wie es in dieser Periode auf Kreta auch mit anderen Basilika geschah. Die Auffindung von Münzen aus der Zeit des  Königs Leon VI (886 – 912), sowie die Kleinschrift der Aufschriften auf Pessaren und Brüstungen sind ein Zeichen des Gebrauchs der Kirche mindestens bis zum 9. Jahrhundert.

Die Kirche wurde zwischen 1947 und 1955 von K. Kalokyris und N.Platonas ausgegraben. Laut der Ausgräber bildete die Kirche das Amt des Bischoffs von Elefthernis, das nach der Zerstörung der antiken Stadt nach Panormo befördert wurde. Es handelt sich um eine dreischiffige Basilika mit Querschnitt mit einer gesamten Länge von 54 m. und mit einer Breite von 23 m. Im westlichen Teil hat sie eine Vorhalle und ein Atrium. Auf der östlichen Seite endet sie mit einem halbkreisförmigen Bogen. Im nördlichen Teil wurde ein sorgfältiges Grab gefunden, das der Aufschrift nach dem Kirchensänger Theodoro gehörte.

Die drei Schiffe der Kirche wurden durch hohen Stylobaten mit korinthischen Säulen einer Form des 5. und  6. Jahrhunderts  getrennt. Auf denen wurden Säulen Ionischer Form gestützt. im nördlichen und zentralen Schiff gab es Fliesenböden.

Was die späteren Bauarbeiten im nördlichen und westlichen Teil der Basilika betrifft, ist der Gebrauch nicht klar. Sie haben entweder mit dem diakonischen Platz oder mit einem früheren Baptisterium, das vor der Herstellung des Taufbeckens benutzt wurde zu tun. Einige der wichtigsten Befunde der Ausgrabungen dieser Basilika sind die bemerkenswerten architektonischen Marmorelemente, wie zum Beispiel Säulen, Kapitell, Brüstungen usw. Es wurde  außerdem Münzen, keramische Gegenstände und gläserne Öllampen gefunden.