Es befindet sich im Zentrum der Stadt Iraklion, neben der Kathedralen Kirche Agios Minas.
Bis zum Jahr 1669, wo Kreta von den Türken erobert wurde, stellte das Kloster Heilige Ekaterini eines der bedeutendsten spirituellen Zentren der Orthodoxen dar. Als sehr wichtiges Mönchzentrum mit großen wirtschaftlichen Mitteln, hat es bei der Bildung der kretischen orthodoxen und anderer beigetragen.
Während der Türkischen Herrschaft wurde es zu einer Moschee umgebaut und nach der Befreiung von Kreta, wurde es zu einer Ausstellung von kirchlichen Kostbarkeiten und Ikonen größer Künstler, wie zum Beispiel von Michail Damaskinos.
