Im Inneren der Kirche sind alle Flächen mit bemerkenswerten Wandmalereien verschiedene Epochen dekoriert. Im Mittelschiff gibt es zwei Schichten von Wandmalereien Die eine wird nur zum Teil bewahrt.
Diese Darstellungen zeichnen sich durch die linearen Gestalten aus und werden auf Mitte des 13. Jahrhunderts datiert. Innerhalb der zwei ersten Jahrzenten des 14. Jahrhunderts, anscheinend wegen einer großen Katastrophe der Kirche, wurde die zweite Schicht der Wandmalereien gemacht. Diese dehnt sich auf die übrigen Flächen des Mittelschiffs mit Szenen aus dem Evangelischen Zyklus aus.
In der gleichen Periode wurde auch die Kuppel wieder aufgebaut. Dort kann man eine Koexistenz von der Mittelbyzantinischen und der früheren Paleologie betrachten.
Die seitlichen Schiffe wurden innerhalb der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts bemalt, nachdem die Dekoration des Mittelschiffs vollendet wurde. Hier folgte man verschiedener ästhetischer Grundsätze. Die Szenen aus dem Leben Muttergottes und die Gestalten der Heiligen im südlichen Schiff von Agia Anna sind reich an Realität und Ausdruck.
Im nördlichen Schiff von Agios Antonios, dessen Schiff als Thema sie Zweite Erscheinung hat, folgte man die gleiche malerische Technik mit einem jedoch weniger guten Ergebnis.
Auf der westlichen Seite des südlichen Schiffs und auf der nördlichen Seite des nördlichen Schiffs findet man Besitzeranschriften. Auf denen steht der Besitzer Georgios Mazizanis mit seiner Frau und seinem Kind. Jüngste Ausgrabungen des Inneren und Äußeren der Kirche entdeckten eine große Anzahl von kastenförmigen Gräbern.
