Die Höhle der Melidoniou befindet sich auf einer Höhe von 220m, auf der Südseite des Berges Kouloukona und auf einer Entfernung von 1800m Nordwestlich des Dorfes Melidoni.

Der Eingang der Höhle hat heute die Form eines kurzen Bogens mit einer Höhe von 2,5m und Breite 4m.Der Innere der Höhle entwickelt sich auf drei Ebenen und zwei Richtungen. Der großer Raum hat eine fast quadratische Form mit Länge 65m(Norden-Süden) und Breite 25-30m.(Osten-Westen).

Die Kuppel mit den Stalagmiten erreicht eine  Höhe von 13m.An der linken Seite des Raums beginnt ein absteigender  Durchgang und in seiner Tiefe befindet sich eine  kreisförmige Grube die vertikal auf die sechs Meter absteigt. An der Nordöstlichen Ecke des großen Raumes beginnt ein enger Tunnel der vier Meter tiefer in einem länglichen und engen Raum führt mit 30m. Länge und 9m. Höhe und endet südwestlich in einem kurzen Tunnel.

Der Tunnel wendet sich steil Richtung Südosten durch zwei Bögen und führt zu einer weiteren Kammer mit einer Länge  von 18m.Die Kuppel senkt sich stark ab und erreicht den Rand eines Becken mit einer Tiefe von 24m.

Von dem bis heutigen Bewertungen der Ausgrabungsangaben ergibt sich dass die Nutzung der Höhle von der Neusteinzeit bis in der Römischen Zeit ununterbrochen war und wurde zu einem Zufluchtsort während der türkischen Besatzung. Obwohl  die Höhle ursprünglich als Wohnort benutzt wurde (1928 wurden  Jungsteinwerkzeuge gefunden), während der minoischen Zeit (2100 bis 1600 v. Chr.)entwickelte sich zu einem Verehrungsort (1940 wurde durch illegale Ausgrabung  eine Bronze Beil gefunden).

Während der dädalischen Periode (7te Jahrhundert v.Chr.) wurde in der Höhle eine Göttin verehrt, eine Inschrift jedoch von der römischen Zeit (an der Wand des Eingangs im 15ten Jahrhundert gefunden) weist uns auf die Verehrung des Ermiss hin. Die Höhle spielte auch in den neueren Zeiten eine wichtige Rolle, hauptsächlich während der türkischen Besatzung wo 370 Einwohner (von den Türken belagert) des Dorfes Melidoni im Januar 1834 in die Höhle erstickten. Im Gedenkbereich der sich in der ersten Kammer befindet, werden ihre Knochen erhalten.

Die Forschung bis Anfang des 20sten Jahrhunderts, beschränkte sich auf die Identifizierung und auf das Einlesen  der Inschriften die sich am Eingang befanden. Im Jahr w1923 wurde durch einem italienischen archäologischen Mission  eine kleine Ausgrabungsforschung durchgeführt, jedoch ohne wichtige Ergebnisse. Im Jahr 1954 hat der französischer Archäologe P.Faure die Höhle erforscht und fand Scherben der Spätminoischer  IIII Hypominoan III (1450-1100 v. Chr.) und Erstgeometrischer Zeit (10ter  Jh. v. Chr.), sowie auch Fragmente von römischen Leuchten.

Vom 1987 bis heute werden durch das KE‘ Finanzamt der vorhistorischen und klassischen Zeit Ausgrabungen durchgeführt, die viele Funde , hauptsächlich aus den minoischen Zeiten, ans Licht gebracht haben .Im Rammen des Programms INTEREG für die Förderung der Höhlen wurden Arbeiten durchgeführt für die Förderung und Entwicklung des Außenbereichs der Höhle ( Kiosk, W.C. , Steinwege).

Die Höhle ist besuchbar.