Das archäologische Museum Rethymnon, das 1887 vom Bildungsverein Rethymnon gegründet wurde, ist heute in der fünfeckigen Festung genau vor dem zentralen Osttor der Fortezza untergebracht. Das Gebäude ist eines der Werke der Türken, um die Verteidigung  des Haupteingangs der Festung zu sichern. Die Ausstellung des Museums, in der die antiken Exponate mit archäologischer Reihenfolge angeordnet sind, umfasst die folgenden Sammlungen: Späte Jungsteinzeit und frühminoische Funde, hauptsächlich Gefäße, Werkzeuge und Figuren aus den Höhlen Gerani und Melidoni.

Objekte aus der mittelminoischen Zeit von den archäologischen Stätten Monastiraki, Apodoulou und Vryssina. Beeindruckend in seiner Gesamtheit ist die Anzahl der gestempelten Objekte von Monastiraki, wie auch die Nachbildung einer Behausung vom gleichen Fundort. Fundstücke aus der spätminoischen Periode, vor allem vom Friedhof von Armeni aber auch aus anderen Gegenden wie Mastamba, Stavromenos, Pangalochori und Syvritos.

Zu den Gegenständen zählen Werkzeuge und Waffen aus Kupfer, ein beeindruckender Helm,  reichhaltige Keramik, Schmuck und Steinstempel . Gleichfalls gibt es Tonfiguren u.a. die bekannte Göttin mit den erhobenen Armen von Pangalochori. Ebenfalls beeindruckend sind die Ton-Urnen mit Blumenmustern und geometrischen Verzierungen, die vor allem vom Friedhof von Armeni  stammen. Außerdem gibt es Funde aus der geometrischen-archaischen Zeit, vor allem  von den archäologischen Stätten Axos und Eleftherna.

Objekte klassischer, hellenistischer und römischer Zeit vor allem aus den Gegenden Stavromenos und Argiroupoli. Von diesen heben sich die römischen Lampen,Goldschmuck aus der Gegend  Stavromenos und die gläsernen Gefäße griechischer und römischer Epoche hervor.

Münzensammlung

Figuren aus Melidoni und Axos und Gefäße unbekannter Herkunft aus der klassischen und griechischen Epoche.  Inschriften aus der Gegend Eleftherna und eine Skulpturensammlung aus den Gebieten Stavromenos, Eleftherna und Argyroupolis