Das Wohnen in der Gegend von Paleochora (Amnisos) begann in der Mittelminoischen Zeit (19. Jh. v. Chr.).  Das Wort Amnisos wird als a-mi-mi-so in den Linearschrift B (eine der Griechischen Sprachen) erwähnt.

Die Villa der Lilien wurde durch Feuer im 15. Jahrhundert v. Chr. zerstört.  Die Komplexe C und E sind bis zum 12. Jahrhundert v. Chr. bewohnbar geblieben. Im 7. Jahrhundert v. Chr. (archaische Zeit) wurde das Heiligtum des Zeus Thenatas gebaut, der im Einsatz bis zum 2. Jahrhundert n. Chr. blieb. Der Hügel wurde während der venezianischen Herrschaft bewohnt.

Befestigung Arbeiten und Reinigungen werden in der Villa der Lilien und in dem Heiligtum des Zeus von dem Archäologischen Dienst in regelmäßigen Abständen durchgeführt.